Le regole dell'alchimia stabiliscono che per ottenere qualcosa si deve perdere qualcosa di uguale valore. L'alchimia è il processo di smontaggio e ricostruzione di un oggetto in un'entità diversa, con le regole dell'alchimia a governare questa procedura. Tuttavia, esiste un oggetto che può portare qualsiasi alchimista al di sopra di queste regole, l'oggetto noto come Pietra Filosofale. Il giovane Edward Elric è un alchimista di particolare talento che, a causa di un incidente avvenuto anni prima, ha perso il fratello minore Alphonse e una gamba. Sacrificando anche una delle sue braccia, ha usato l'alchimia per legare l'anima del fratello a un'armatura. Questo ha portato all'inizio del loro viaggio per ripristinare i loro corpi, alla ricerca della leggendaria Pietra Filosofale. Nota: gli episodi 11, 12 e 37 sono stati adattati dalla light novel "Fullmetal Alchemist: La terra della sabbia".