La storia ruota attorno ad Haruka Nanase, un ragazzo che ha sempre amato immergersi nell'acqua e nuotarci dentro. Prima di diplomarsi alla scuola elementare, ha partecipato a un torneo di nuoto insieme ai suoi compagni di nuoto, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki e Rin Matsuoka. Dopo aver ottenuto la vittoria, ognuno dei ragazzi ha preso strade separate. Il tempo passava e nel bel mezzo della loro tranquilla vita al liceo, Rin appare e sfida Haruka a un match, mostrandogli il suo potere travolgente. Non volendo che finisca così, Haruka, riunisce ancora una volta Makoto e Nagisa e porta un nuovo membro di nome Rei Ryugazaki a creare il Club di nuoto della scuola superiore di Iwatobi per sconfiggere Rin.