La storia di Fortune Arterial ruota attorno al protagonista maschile Kohei Hasekura, che si trasferisce in una prestigiosa scuola pubblica nello stile di una scuola inglese di sei anni che comprende studenti delle scuole medie, medie e superiori. La scuola si trova su un'isola chiamata Tamatsu Island, al largo del Giappone continentale, e l'unico modo per arrivarci è in barca. Poco dopo il trasferimento, scopre che uno degli studenti della classe accanto alla sua, Sendo Erika, è in realtà un tipo di vampiro.