Naota è una bambina distaccata di prima media afflitta dai morsi della pubertà. Sta scherzando con l'ex ragazza di suo fratello quando una ragazza impazzita su uno scooter lo investe, lo colpisce con un basso e si trasferisce in casa sua. Questa ragazza dai capelli rosa, Haruko - che afferma di essere un'aliena - scaglia Naota nel bel mezzo dell'agenda segreta di una mega-corporazione. Oh, e ora giganteschi robot da combattimento sparano dal suo cranio. Mescola animazioni strabilianti e melodie che riecheggiano nel tuo cervelletto per completare il viaggio che ti farà innamorare duramente di FLCL.