C'era una volta una Guerra del Santo Graal condotta da maghi e spiriti eroici in una città di Fuyuki. Tuttavia, un mago approfittò del caos della seconda guerra mondiale per rubare un Santo Graal. Sono passati diversi decenni e la famiglia Yggdmillennia, che ha assunto il Santo Graal come suo simbolo, ha disertato dall'Associazione dei Maghi. Furiosa, l'Associazione inviò forze per affrontare gli Yggdmillennia, ma furono sconfitti. Con il cambiamento del sistema del Santo Graal, scoppia una guerra su una scala senza precedenti.