Vent'anni prima dell'inizio della storia, un asteroide diretto verso la Terra distrugge Plutone. A causa della distruzione di Plutone, l'asteroide, che è soprannominato Thanatos, diventa temporaneamente stagnante. Ora, al fine di evitare l'imminente distruzione della Terra, l'Agenzia Internazionale per lo Sviluppo del Sistema Solare (ISDA) lavora al "D-Project" e crea il "Dragonaut" dopo aver trovato un uovo di drago sotto l'oceano. Lo scopo principale di quest'arma è distruggere l'asteroide quando sarà il momento. Tuttavia, scoprono presto che l'asteroide non è la loro unica minaccia, poiché potenti creature simili a draghi, che sono inclini alla distruzione, appaiono sulla Terra. Dopo aver assistito all'omicidio di una delle creature, Jin Kamishina, un ragazzo solitario di 18 anni che ha perso la sua famiglia in un incidente con la navetta due anni fa, viene coinvolto nei misteri dei draghi e diventa il pilota scelto del Dragonaut. Ad aiutarlo nel suo viaggio c'è Toa, una misteriosa ragazza che lo salva dalla morte dopo che la creatura lo ha attaccato. Man mano che si addentrano nei misteri dei draghi, incontrano nuovi amici e nemici e iniziano anche a sviluppare una relazione più stretta.