Takuya Kanbara è un ragazzo di città medio che riceve un messaggio di testo da una fonte sconosciuta che gli dice di "salire su un treno verso il suo destino". Raccogliendo la chiamata all'avventura, trova il treno in questione e viene portato a Digiworld, che è attualmente minacciato dai malvagi Cherubini. Cherubimon e i suoi scagnozzi stanno consumando gli stessi mattoni di Digiworld (il suo "Codice Frattale") per aumentare il proprio potere, e se non si fa nulla, l'intero Digiworld verrà divorato. Non tutto è perduto, però. Takuya e gli altri bambini "prescelti" che salgono sul treno ereditano il potere dei Dieci Guerrieri Leggendari che hanno salvato Digiworld in un lontano passato, permettendo loro di trasformarsi in Digimon. Con i loro nuovi poteri, combattono per riprendersi il Codice Frattale rubato e riportare Digiworld al suo antico splendore.