C'è un'improvvisa esplosione nel gigantesco impianto Edge of Ocean del Tokyo Summit. L'ombra di Touru Amuro, che lavora per l'Ufficio di Sicurezza dell'Agenzia Nazionale di Polizia come Zero, appare sul sito. Inoltre, il personaggio "a tre facce" noto come Rei Furuya, un detective e apprendista di Kogorou Mouri, è anche conosciuto come Bourbon, un membro dell'Organizzazione Nera. Kogorou viene arrestato come sospetto nel caso dell'esplosione. Conan conduce un'indagine per dimostrare l'innocenza di Kogorou, ma Amuro si mette sulla sua strada.