Il film è ambientato su una nave Aegis all'avanguardia con la piena collaborazione del Ministero della Difesa e della Forza di Autodifesa Marittima del Giappone. Il cadavere di un membro della Forza di Autodifesa è stato trovato – tranne il braccio sinistro – e una spia si è infiltrata nella nave Aegis. L'eroina Ran è messa in pericolo e Conan è costretto a opporsi alla pericolosa spia "X".