Trent'anni prima uno strano fenomeno chiamato "terremoto spaziale" aveva devastato il centro dell'Eurasia, causando la morte di almeno 150 milioni di persone. Da allora, terremoti spaziali più piccoli affliggono il mondo su base irregolare. Shidou Itsuka, un liceale apparentemente ordinario, si imbatte in una misteriosa ragazza al ground zero di un terremoto spaziale e apprende da sua sorella Kotori che è uno degli "Spiriti" che sono la vera causa dei terremoti spaziali che si verificano quando si manifestano nel mondo. Scopre anche che Kotori è il capitano del dirigibile Ratatoskr e lo recluta per sfruttare la sua misteriosa abilità di sigillare i poteri degli Spiriti e impedire loro di essere una minaccia per l'umanità. C'è però un problema: per sigillare uno Spirito, deve farla innamorare di lui.