Il lontano futuro: l'umanità ha fondato la città-fortezza mobile, Plantation, sulla terra desolata in rovina. All'interno della città c'erano i quartieri dei piloti, Mistilteinn, altrimenti noto come "Birdcage". È lì che vivono i bambini... La loro unica missione nella vita era la lotta. I loro nemici sono i misteriosi organismi giganti noti come Kyoryu. I bambini utilizzano robot noti come FRANXX per affrontare questi nemici ancora invisibili. Tra loro c'era un ragazzo che una volta veniva chiamato un bambino prodigio: numero di codice 016, Hiro. Un giorno, una misteriosa ragazza di nome Zero Two appare di fronte a Hiro. "Ti ho trovato, mia cara."