Chisa Yukizome inizia il suo lavoro come insegnante di classe per la 77ª classe di studenti Ultmate della Hope's Peak Academy. Nel frattempo, Hajime Hinata, uno studente del Corso di Riserva della scuola per studenti senza talento, si prepara a sottoporsi a un esperimento per renderlo l'Ultima Speranza. Ciò che segue è una serie di tragici eventi che portano alla nascita dei Resti della Disperazione e alla realizzazione del "Più Grande, Più Terribile, Più Tragico Evento della Storia Umana". In onda insieme a Danganronpa 3: Mirai-hen, con Mirai-hen che inizia per prima.