La storia è ambientata all'Accademia Shiomi, una vasta e prestigiosa accademia con una Daitoshokan (letteralmente "grande biblioteca") che rivaleggia con la biblioteca nazionale giapponese. Come membro del Club della Biblioteca, Kyoutarou Kakei si reca al Daitoshokan per leggere da solo. Incontra poi una ragazza del secondo anno di nome Tsugumi Shirasaki grazie agli sforzi di un cosiddetto "pastore" che esaudisce i desideri delle persone. Alla fine, altre ragazze si uniscono al club grazie al "pastore".