Nonostante il recente attacco di Akuma, i membri dell'Ordine Nero sono di buon umore mentre si accingono a trasferirsi in una nuova base. Subito dopo il suo arrivo, tuttavia, Allen Walker viene improvvisamente chiamato dall'Agenzia Centrale e il suo braccio viene sigillato con la forza dall'Ordine. Viene quindi condotto a un sorprendente incontro con il suo padrone, il generale Cross Marian, che rivela segreti sconcertanti che circondano l'enigmatico 14° Noè. Un incidente di un ladro fantasma, l'arrivo di un misterioso gruppo di esorcisti, la morte di un importante compagno e una battaglia a tutto campo contro la famiglia Noah: cosa significa tutto questo per Allen, Yuu Kanda e il resto dell'Ordine? Questo non è che l'inizio di una serie di eventi strani, apparentemente scollegati, che portano a qualcosa di molto più grande.