L'effetto Caligola è ambientato in un programma di realtà virtuale noto come "Mobius", creato in modo che le persone possano sfuggire al dolore della loro vita e vivere in un idilliaco ambiente scolastico, costrette a vivere i loro 3 anni a tempo indeterminato. Il protagonista principale è quello di un gruppo che si rende conto di essere in un mondo virtuale, e forma il "Go-Home Club", un gruppo dedicato alla fuga da Mobius e dal suo programma di sorveglianza divino, un programma vocale chiamato "μ". A loro si oppongono gli "Ostinato Musicisti", un gruppo che sostiene μ e vede i Go-Home Club come dei traditori.