Il cronometro è un tesoro leggendario che ha il potere di manipolare il tempo. L'incidente di Susanoo si svolse nella capitale Kyoto e si concluse con la morte dello shogun mascherato, Mugensai. Dopo aver terminato la visita alla tomba del suo ex maestro, Yoshida Shouin, Takasugi Shinsaku e la sua compagna, Katsura Kogorou, tornano a Kyoto ancora una volta. All'improvviso, la terra trema e il cielo si apre, e il cronometro, che si supponeva fosse stato distrutto, appare da una spaccatura nello spazio-tempo. Ora, con una volontà propria, il cronometro inizia a scatenarsi in modo incontrollabile!!