In un futuro prossimo, un improvviso e inspiegabile innalzamento del mare ha lasciato gran parte della civiltà umana sott'acqua. Ikaruga Natsuki, un ragazzo che ha perso la madre e una gamba in un incidente qualche anno prima, torna disilluso da una vita dura nella grande città per trovare la sua vecchia casa di campagna mezza inghiottita dal mare. Rimasto senza famiglia, tutto ciò che ha a suo nome è la nave e il sottomarino lasciatigli dalla nonna oceanologa e i suoi debiti. La sua unica speranza per ripristinare i sogni per il futuro che ha perso è quella di cogliere un'opportunità che gli viene presentata dalla sospettosa esattore Caterina. Salpano per cercare le rovine sommerse del laboratorio di sua nonna al fine di trovare un tesoro che si dice abbia lasciato lì. Ma quello che trovano non sono ricchezze o gioielli; si tratta di una strana ragazza che giace addormentata in una bara in fondo al mare, ad Atri. Atri è un robot, ma il suo aspetto e la sua ricchezza di emozioni ingannerebbero chiunque facendole pensare che sia un essere umano vivente che respira. In segno di gratitudine per essere stata salvata, fa una dichiarazione a Natsuki.