Natsume Tomoharu è un normale studente delle superiori in tutto e per tutto, con un'eccezione: è seguito dal fantasma del suo migliore amico, Misao. Dopo essersi trasferito nella vecchia casa di suo fratello, Tomoharu si aspetta di continuare a vivere la sua vita normale, ma un giorno viene lasciato con una misteriosa valigetta chiusa a chiave senza alcuna istruzione. All'inizio ha intenzione di lasciarlo in deposito, ma la sua casa viene presto invasa da più gruppi di persone dopo la valigetta. Pur non conoscendo ancora lo scopo della valigetta, Tomoharu e Misao tentano di fuggire con essa. Da lì in poi, Tomoharu cerca di scoprire i segreti dietro la valigetta, le connessioni tra essa e Misao e perché ha il potere di cambiare il mondo.