Quando gli Angeli Ombra invadono dopo 12.000 anni di sonno, l'umanità è tenuta prigioniera dalla paura e dal puro dominio alieno. Undici anni dopo che la Grande Catastrofe ha decimato il mondo, la maggior parte di coloro che sono rimasti in vita sono spazzini, sporchi e affamati per le strade. C'è speranza, però: l'angelo meccanico Aquarion! Alimentato da tre anime intrecciate, una rara razza di piloti prende i comandi. Conosciuti come Elementi, uno di loro deve risorgere se l'umanità vuole sopravvivere. La profezia si sta adempiendo mentre si avvicina la fine del mondo... Attraverso una nuvola vorticosa di amore, tradimento, perdita e destino, l'ultima speranza per il nuovo secolo arriva e prende il volo!