Nella storia, una flotta di nebbia carica di super armi appare improvvisamente in tutto il mondo. Senza la capacità di resistere a questa flotta, l'umanità è stata sconfitta e non ha più potuto viaggiare per i mari. 17 anni dopo la devastante guerra navale, Chihaya Gunzou e i suoi amici requisiscono in qualche modo un sottomarino della Flotta della Nebbia e lo ribattezzano I-401. Insieme a Iona, affrontano la Flotta della Nebbia.