Quando Gintoki arresta un pirata cinematografico a una premiere, controlla le riprese della telecamera e si ritrova trasportato in una versione desolante e post-apocalittica di Edo, dove una misteriosa epidemia chiamata "Peste Bianca" ha devastato la popolazione mondiale. Si scopre che il pirata del film non era un pirata, dopotutto: era una macchina del tempo androide, e Gintoki è stato catapultato cinque anni nel futuro! Shinpachi e Kagura, le sue coorti Yorozuya, hanno avuto un litigio e ora sono vigilanti solitari agguerriti e lui stesso è scomparso da anni, scomparendo senza lasciare traccia dopo aver scarabocchiato uno strano messaggio nel suo diario. Partendo sotto il travestimento datogli dalla macchina del tempo androide, Gintoki riunisce a casaccio la squadra Yorozuya per indagare sulla Peste Bianca, e presto scopre che la chiave per salvare il futuro risiede nell'oscurità del suo passato. Determinato ad affrontare un potente nemico, fa un'importante scoperta: con una banda di amici e alleati al suo fianco, non deve combattere da solo.