Nel paese di Gazth-Sonika infuria la guerra civile. Lì, una mercenaria di nome Madlax esercita il suo mestiere, con un'abilità quasi soprannaturale. Nel paese apparentemente pacifico di Nafrece, Margaret Burton vive una vita tranquilla. Per quanto separate possano sembrare le loro vite, le due sono legate da legami di mistero e da un libro sacro che è anche ricercato dall'oscura organizzazione, Anfan. Mentre Margaret e Madlax seguono il sentiero del loro destino, si avvicinano sempre di più alla scoperta della verità, senza alcuna garanzia che sia una verità che possono sopportare di apprendere.