Kotetsushin Jeeg si svolge cinquant'anni dopo l'originale e presenta un nuovo cast di personaggi, principalmente il nuovo personaggio principale Kenji Kusanagi, uno studente delle superiori che diventa Kotetsushin Jeeg per combattere l'improvvisa ricomparsa di "Haniwa Genjin" ("Haniwa Phantom Gods", o robot di argilla) dall'Impero Jamada governato dalla regina Himika. Altri personaggi includono Tsubaki Tamashiro (nipote di Miwa Uzuki); e Kyou Misumi. Compaiono anche altri personaggi principali della serie originale.