Nelle profondità delle montagne dell'Ararat, in Turchia, un'organizzazione segreta nota come ARCAM ha trovato quella che si crede essere l'Arca di Noè. Tuttavia, la U.S. Machine Corps., un'organizzazione canaglia del Pentagono, vuole prendere il controllo dell'Arca come mezzo di supremazia globale. Solo uno speciale agente dell'ARCAM, noto come Spriggan, si frappone sulla loro strada. Il giapponese Spriggan Yu Ominae si allea con il francese Jean-Jacques Mondo per combattere i membri del Machine Corps degli Stati Uniti. guidato dal colonnello MacDougall, un ragazzo geneticamente potenziato con poteri psionici mortali. Tuttavia, devono agire in fretta e fermare MacDougall prima che usi l'Arca per i suoi scopi.