La storia segue Suzume, una ragazza di 17 anni di una tranquilla cittadina di Kyushu che incontra un giovane in cerca di una porta. Trovano una porta tra le rovine della montagna e Suzume la apre. Ben presto, altre porte iniziano ad aprirsi in tutto il Giappone, portando disastri dall'altra parte. Il film descrive la liberazione e la crescita di Suzume, mentre chiude le porte che stanno causando il disastro.