Gli avvistamenti di creature misteriose note come "Hologram Ghosts" sono stati un argomento popolare sui social network negli ultimi anni. Secondo le indiscrezioni, diverse persone sono cadute vittime di questi spettri. Coloro che sono fortunati a sopravvivere ai loro incontri con gli esseri paranormali affermano che assomigliavano a ologrammi difettosi. Hiro Amanokawa, studente delle scuole medie dell'Accademia Hazakura, crede che questi avvistamenti siano solo una leggenda metropolitana. Tuttavia, quando gli incidenti iniziano ad aumentare di frequenza, gli viene in mente il giorno in cui suo padre è improvvisamente scomparso, con strani orologi digitali che fungono da uniche reliquie della sua scomparsa. Proprio come gli altri avvistamenti, ciò che è accaduto al padre di Hiro non può essere spiegato con la logica convenzionale. Un giorno, quando un compagno di studi dell'accademia viene attaccato da un ologramma fantasma, Hiro e il suo amico Kiyoshirou Higashimitarai decidono di indagare sulla questione. Hiro non sa che questa indagine sarà il loro primo passo verso la scoperta di un mondo pericoloso precedentemente sconosciuto all'umanità.