Neku si risveglia nel bel mezzo del vivace Scramble Crossing di Shibuya senza ricordare come ci sia arrivato. Non sa che è stato trasportato in un piano di esistenza alternativo noto come Underground (UG). Ora un partecipante involontario al misterioso "Gioco dei Mietitori", Neku deve collaborare con una ragazza di nome Shiki per sopravvivere. Insieme, completano le missioni e sconfiggono i mostri noti come "Noise" mentre scoprono gradualmente la vera natura di questo gioco contorto. "C'è solo un modo per rimanere in vita a Shibuya: fidarsi del proprio partner". Riusciranno a sopravvivere al Gioco dei Razziatori?