La guerra al terrorismo è esplosa, letteralmente, il giorno in cui Sarajevo è stata distrutta da un ordigno nucleare artigianale. Le principali democrazie si sono trasformate in Stati a sorveglianza totale e il mondo in via di sviluppo è annegato sotto un'ondata di genocidi. Il misterioso americano John Paul sembra essere dietro il collasso del sistema mondiale e spetta all'agente dei servizi segreti Clavis Shepherd rintracciare John Paul attraverso i relitti delle civiltà e trovare il vero cuore delle tenebre: un organo genocida.