15 anni fa, la Daiichi Yachiyo Maru, una nave da carico, si schiantò contro un grande iceberg nel nord dell'Oceano Pacifico e affondò. Il capitano e l'equipaggio sono morti. Ora, a Nishitama, un progettista navale della Yatsushiro Shipbuilder, che apparteneva alla Yatsushiro Financial Combine, è stato colpito da un improvviso attacco di cuore mentre era alla guida, ed è morto in un incidente stradale. Da allora sono passati sei mesi. Conan, Ran e Kogoro si stanno godendo il loro viaggio nell'Afrodite. L'Afrodite è una nave di lusso e sta navigando verso l'Oceano Pacifico come suo viaggio inaugurale. Tuttavia, c'è una persona sospetta e alla fine si verifica un omicidio. È l'inizio di un orribile complotto avvenuto nell'oceano da cui non c'è posto da cui fuggire.