Nel 1999, una gigantesca astronave aliena si schianta sull'isola di South Ataria. L'umanità procede nel tentativo di ricostruire questa meraviglia, ma i conflitti politici incentrati sui Macross sfociano in una guerra globale. Dopo 10 anni, le guerre di unificazione sono finalmente finite, il nuovo governo delle Nazioni Unite è al potere e i lavori sul Macross sono completati. Il giorno della cerimonia di lancio, il suo cannone principale spara da solo, distruggendo un'astronave aliena. Questo fatidico giorno segna l'inizio della guerra tra gli umani del Macross e gli Zentradi, una razza di alieni umanoidi di proporzioni gigantesche.