Nel 73 d.C., le tensioni tra i Naturali e i Coordinatori continuarono a persistere, portando infine ad un'altra guerra tra l'Alleanza Terrestre e i PLANT. Sven Cal Bayan è un pilota naturale della squadra d'élite EA, la Phantom Pain, e porta a termine le varie missioni anti-Coordinatore della sua squadra senza fallo. Selene McGriff è una ricercatrice coordinatrice presso la neutrale Deep Space Survey and Development Organization (DSSD) e una sviluppatrice del mobile suit per l'esplorazione spaziale GSX-401FW Stargazer. Anche se i loro background sono completamente diversi, la guerra in espansione costringerà comunque le loro strade a scontrarsi.