Esistono due mondi, entrambi ignari dell'esistenza dell'altro. Affinché un mondo possa prosperare, l'altro dovrà perire. Sul mondo in via di estinzione, un Prescelto viene inviato in un viaggio per ripristinare il mana di quel mondo risvegliando gli Spiriti e diventando un angelo. Colette Brunel, la Prescelta di Sylvarant, intraprende il suo viaggio accompagnata dai suoi migliori amici Lloyd Irving e Genis Sage. Man mano che viaggiano più avanti, incontrano sempre più amici e ancora più nemici, mentre imparano sempre di più sulla verità dietro la Rigenerazione del Mondo.