40 anni fa, un Celebi veniva attaccato da un cacciatore di Pokémon. Fortunatamente, un ragazzo di nome Sammy ha salvato Celebi. Usando il suo potere di viaggiare nel tempo, Celebi trasportò se stesso e Sammy 40 anni nel futuro. Lì, Ash, Misty e Brock aiutano Sammy a raggiungere il lago curativo nella foresta in modo che possano guarire il ferito Celebi. Sfortunatamente un malvagio membro del Team Rocket, Viscious alias "The Iron Masked Marauder", cerca di catturare Celebi usando la sua tecnologia. Mentre Ash e Co. cercano di allontanarsi da Viscious, si imbattono anche in Jessie, James e Meowth, che vogliono catturare Celebi. Presto diventa una corsa contro il tempo per riportare Celebi e Sammy nella foresta prima che Celebi venga catturato e venga usato per distruggere la foresta e se stessi.