Sasahara Kanji è una matricola universitaria che decide di unirsi a una società studentesca per condividere i suoi pensieri nascosti su manga, anime e giochi. Quando visitò per la prima volta Genshiken, abbreviazione di "Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai" (Società per lo Studio della Cultura Visiva Moderna), il suo orgoglio infondato fu distrutto dal complotto di Madarame, uno studente del secondo anno di Genshiken, ma non riusciva ancora ad ammettere di essere un otaku. Tuttavia, mentre partecipa ad attività mondane come visitare negozi di dojin (case editrici private) e festival di anime, e frequenta altri membri della società Kosaka (un otaku hardcore nonostante le sue estreme eccentricità e il suo bell'aspetto), la ragazza di Kosaka Kasuga Saki (che non è proprio un otaku), Ohno (un cosplayer) e gli altri, apre la sua mente e decide che si farà strada nel mondo degli otaku. Con il loro aiuto, Sasahara si adatta lentamente alla vita otaku in Genshiken.