L'anime è ambientato immediatamente dopo l'arco narrativo della trama principale Sanctuary dopo la sconfitta di Gemini Saga dal manga originale Saint Seiya di Masami Kurumada, ma prima dell'arco narrativo di Posieidon. Tuttavia, mentre il manga originale seguiva un ragazzo di nome Seiya e altri santi che combattono per proteggere la dea Atena, la nuova serie segue una "Saintia" femmina di nome Shō che combatte le divinità malvagie per proteggere Atena.