Sakura Mikan e Imai Hotaru sono migliori amiche e Mikan è scioccato nello scoprire che Hotaru si sta trasferendo in una scuola di Tokyo per studenti dotati come lei: l'Alice Academy. Mikan sente dire che gli studenti sono come prigionieri lì e, preoccupata per cosa sarebbe successo a Hotaru, scappa per andare a scuola da sola. Scopre tutte le cose meravigliose di questa scuola. E si dirige verso una grande avventura!!