Nell'anno 2015, gli Angeli, enormi e tremendamente potenti macchine da guerra aliene, appaiono a Tokyo per la seconda volta. L'unica speranza per la sopravvivenza dell'umanità risiede nell'Evangelion, una macchina da combattimento umanoide sviluppata dalla NERV, un'agenzia speciale delle Nazioni Unite. Capace di resistere a tutto ciò che gli Angeli possono offrire, l'unico svantaggio dell'Evangelion risiede nel numero limitato di persone in grado di pilotarlo. Solo una manciata di adolescenti, tutti nati quattordici anni fa, nove mesi dopo la prima apparizione degli Angeli, sono in grado di interfacciarsi con l'Evangelion. Uno di questi adolescenti è Shinji Ikari, il cui padre è a capo del team NERV che ha sviluppato e mantiene l'Evangelion. Catapultato in un vortice di battaglie ed eventi che non capisce, Shinji è costretto a scandagliare le profondità delle proprie risorse interiori per trovare il coraggio e la forza non solo di combattere, ma anche di sopravvivere, o rischiare di perdere tutto. Nota: le versioni successive includono versioni modificate degli episodi 21-24 chiamate "Director's Cut" con alcune modifiche visive e l'aggiunta di scene extra che sono apparse nel riepilogo cinematografico "Morte".