Rewrite è ambientato nella città immaginaria di Kazamatsuri, dove la piantumazione di alberi e il rimboschimento hanno causato la ricopertura della città di alberi e fiori più o meno allo stesso modo in cui altre città sono piene di edifici. Tuttavia, mentre la maggior parte della città sembra essere rurale, ci sono anche molti elementi tradizionali della città. Pur essendo ambientata in un ambiente moderno, la città emana anche uno strano senso di nostalgia. Tennouji Kotarou vive qui. È uno studente delle superiori che ha la capacità di riscrivere il proprio corpo; Può diventare più forte e più veloce in qualsiasi momento lo desideri. Indaga sui misteri soprannaturali con cinque ragazze della sua scuola.