Noir narra le vicende di due bellissime killer dall'oscuro passato, legato in qualche modo a un'organizzazione segreta il cui nome è "I soldati". La prima è una biondissima ragazza francese di nome Mireille, che da bambina aveva visto ammazzare i suoi genitori da un killer di cui non ricorda il volto; l'altra è una ragazza presumibilmente giapponese di nome Kirika che ha perso memoria, buonumore ma non le sue abilità d'implacabile assassina. Le due ragazze sono due killer abilissime; e poiché entrambe hanno la stessa esigenza di fare chiarezza sul proprio passato oscuro e sul perché della loro condizione presente, stringono un patto con cui rimarranno unite sino alla fine, finché non avranno scoperto ciò che cercano.